こんばんは！
ヘルパースプリング、その名の通りお助けスプリングです（笑）
ジャッキアップした時のメインスプリングの遊びを無くす為ですから。
スプリングの遊びが問題になるのは、車検の時とＫ察にジャッキアップさせられた時でしょうね。
それとスプリングだけで車高を落とし過ぎると、
ショックの底付きが発生してしまいます。
そうなるとスプリングが動作してませんので、
クルマが跳ねてしまいます。
やはり足回りは、ショック、スプリングのバランスと
ストローク量が確保されてないと決まりませんね。

次にリヤのアッパーマウントですが、
恐らく問題なく装着できるはずです。
３本のボルトが車両側に上手く入らないとの事ですが、
斜めになっていたりすると、手こずります。

おかなんの場合、ショック付け根にジャッキをあてがい
少しずつ上に上げて行き、ボルトが車両付近に近づいたら
位置を微調整しながら取り付けします。
下記レポートを参考にしてみてください。
http://garage7191.fc2web.com/ae92gt/report/11/repo11_04.html

また分からない事があれば遠慮なく質問して下さいね！