えっと、基本的に底砂をかき回すのは良くないと思います。

が。。。。私も飼育当初は、糞や餌の食べかすが気になって、毎晩のようにスポイト片手に格闘しておりました^＾;

水が出来あげれば、魚の糞もバクテリアの餌になりますので、目に見える範囲で除去すれば良いと思います。

それと、底砂ですが、フグはアルカリ性の水を好みますので、サンゴ砂が適しています。
ですが既に金魚用の砂で飼育を開始されておられるのですから、サンゴ砂をネットなどに入れて水槽の中に落としておけば代用になると思います。

なぁ〜んて、偉そうに書き込んでおりますが、私も最初はメダカ用の砂を使用してました(≧▽≦)ゞ
私の場合は、水槽を大きくした時に、サンゴ砂に変更しましたが、現在はサンゴ砂とは思えないほど赤黒く変色しております(￣∀￣*)